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百邁客Nanopore創造世界記錄!

百邁客CEO鄭洪坤先生等與Oxford Nanopore 商業運營副總裁Richard等合影

2019年1月23日,Oxford Nanopore Technology公司(以下簡稱ONT)技術團隊再次來訪北京百邁客生物科技有限公司,并就ONT平臺發展,公司戰略等進行深入的合作交流。此次來訪,ONT技術人員宣布:當前用戶中,PromethION單Cell最高產出記錄由百邁客產生(162 Gb/Cell),此記錄成為了當前ONT用戶中單Cell產出的世界之最!

Nanopore平臺是新興的實時單分子納米孔測序技術平臺:借助單個分子通過納米孔時引起孔兩側電位差來實現信號檢測,納米孔的直徑僅允許單個核苷酸聚合物通過,而ATCG四種堿基的帶電性質不同,因此通過電信號差異特征即可檢測出通過納米孔的堿基類型,從而實現測序。

慕然回首,距離百邁客開啟第一個Nanopore研發項目已經近2年時間,各方面的技術與平臺服務已經十分成熟當前已經有3臺ONT測序通量最高的PromethION在百邁客投產(了解詳情)。

關于平臺是否好用?技術是否成熟?項目經驗豐富嗎?百邁客實力究竟如何?關心的物種有沒有參考指標?想必大家非常感興趣,有非常多的信息需要了解!為了讓廣大用戶了解百邁客在ONT平臺上的實力,小編將不定期開發ONT平臺的數據產出情況。

2019年1月下機數據(部分)

注:Species:分析的物種信息;SeqNum:各個長度范圍內序列的數目;SumBase:指各個長度范圍內序列的總長度;N50Len:reads N50長度;N90Len:readsN90長度;MeanLen:平均reads長度;MaxLen:最長reads長度;MeanQual:質量值,準確度=1-10^(-Q/10)。

最新數據顯示,目前reads N50幾乎均在25 Kb以上,平均Reads N50達到了35 Kb?以上!最長reads N50高達52.8 Kb,最長Reads更是高達1.6 Mb,質量值也幾乎都維持在8以上(堿基準確率~85 %)。PS: 這里的堿基準確率是指未經過糾錯與polish的數據。當組裝后經過糾錯與polish之后,堿基的準確度均在99.99%以上。之前小編已經給大家科普過!

如果大家了解三代主流的組裝方法的話,相信大家一定知道,數據越長,對組裝的幫助越大。小編截獲的最新數據相應的組裝情報如下

2019年1月組裝數據(部分)

注:Species:分析的物種信息;CtgNum:contig數目;CtgLen:contig總長度;CtgN50:contigN50長度;CtgN90:contigN90長度;CtgMax:最長contig長度。

ContigN50是衡量基因組組裝好壞的一個重要指標,一定程度上來說,contigN50值越高表示組裝的質量越好。最新組裝數據表中,ONT的組裝數據中contigN50水平均在1 Mb以上(測序深度的高低會有一定的影響,為了更好組裝指標,一般建議進行100X以上),雜合度高的物種組裝結果同樣會略遜色于其它簡單物種。相較之前最強水產組裝結果(N50>22 Mb),ONT作物組裝N50最高值再創新高,達到了27 Mb!(數據評估結果點擊查看)不管大家怎么看,反正小編被如此高的指標深深的震撼了,希望技術團隊再接再厲,創造新的記錄!

好啦,今天的介紹到此為止,欲知后事如何,且聽小編下回分曉!

 

如果您對nanopore最新測序服務感興趣,歡迎點擊下方按鈕體驗!

 


 

北京百邁客生物科技有限公司是中國大陸目前首家且唯一一家全部通過 PromthION/GridION平臺及DNA/RNA樣本官方認證的公司。

截至目前為止,百邁客ONT平臺已經建立超過上百種物種類型的文庫,擁有大量的項目經驗!無論是技術還是項目經驗上,我們都實力過硬!如今越來越多可喜的結果已經交付到各位老師的手中~

2018年,百邁客合作文章影響因子累計超過500+!Nature Genetics、Nature Communications、Molecular Plant、Gigascience…合作項目文章源源不斷!

 

 

 

 

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